Троицкая монастырская церковь города Козьмодемьянска была заложена 23 августа 1884 года. В совершенном при этом молебне приняли участие архиепископ Казанский и Свияжский Палладий (Раев) и козьмодемьянское духовенство. Строительство храма, совершавшееся на средства благотворителей, продолжалось до 1891 года, главный престол в честь Пресвятой Троицы и левый придел во имя Казанской иконы Божией Матери были освящены 17 августа того же года, правый придел в честь Преображения Господня – на следующий день. При церкви имелась библиотека, насчитывавшая свыше 180 книг, действовала церковно-приходская школа.

В советские годы, после закрытия монастыря 31 августа 1921 года, храм стал приходским. Духовенство и верующие данной церкви не уклонялись в обновленчество, приход находился под омофором Патриарха Тихона, а затем митрополита Сергия (Страгородского). В 1930 году прихожане храма примкнули к движению непоминающих, и служивший здесь с 13 июля 1925 года протоиерей Александр Михайлов покинул церковь. На его место из Кировской области был приглашен бывший насельник Мироносицкого мужского монастыря архимандрит Иннокентий (Куледин). 21 июля 1931 года отец Иннокентий был арестован по ложному обвинению в участии в контрреволюционной организации церковников, распространении слухов о скором падении советской власти. Решением Особого совещания при коллегии ОГПУ от 14 декабря 1931 года он был приговорен к 3 годам заключения и отбывал наказание в Мариинских лагерях Сиблага ОГПУ. После освобождения отец Иннокентий служил на территории Кировской области, был арестован, а затем расстрелян в 1937 году.

24 мая 1934 года в Козьмодемьянске произошел пожар, в ходе которого Троицкий храм сильно пострадал, после чего власти воспользовались сложившейся ситуацией, возбудив дело о его закрытии. Постановлением Облисполкома МАО от 16 августа 1934 года Троицкая монастырская церковь была закрыта, в дальнейшем здание храма использовали под склад «Заготзерно», мастерскую музыкальных инструментов, а затем оно было полностью разрушено в 1956 году.

Использованы данные комиссии по канонизации святых республики Марий Эл