Грабительский ясак, отбирание земель, насильная христианизация вызывали недовольство марийцев, еще вчера искренне приветствовавших русские войска.   Этим в своих интересах воспользовались местные князья, которых после падения ханства в крае оставалось еще много. Конечно, теперь они были лишены былых неограниченных привилегий и власти, но кое-где сидели  наместниками от нового правительства и как бы по-прежнему управляли своими народами. Самоуправление среди марийцев было оставлено царем Иваном Грозным в ущерб его же принципам: как известно, государь не терпел никакого сепаратизма, подавляя его жестоко. Священник-просветитель Федор Егоров в своих «Материалах по истории народа мари» писал по этому поводу: «Действительно, мари, особенно луговые, были известны Грозному, как наиболее подвижные и беспокойные элементы Казанского царства. Он понимал, что уничтожением их самоуправления, он наживет непримиримых врагов по отношению к своей власти и русской колонизации, а потому он ограничился лишь тем, что установил над ними строжайший надзор».

  Оставляя марийцам самоуправление, русский Государь знал, что делает большую ошибку, и в этом интуиция его не подвела.  Бывшие местные правители были озлоблены тем, что «изо всех предел все земские люди арские и луговые государю добили челом и обещалися до века дань давати». С целью отторжения этого края от России и возвращения былой независимости (прежняя вассальность от казанских ханов была, как мы помним, номинальной) бывшие луговые князья, подстрекаемые крымскими, сибирскими и ногайскими ханами, заручившись их поддержкой, стали склонять недовольных крестьян к восстанию.  А татарские ханы, имея таких союзников внутри русской державы, продолжали грозно бряцать оружием на порожках русской земли и совершать безнаказанные набеги на нее.  

  Все это привело к ожесточенной борьбе между русскими и марийцами, вошедшей в историю под названием «черемисских войн». Первый русско-марийский конфликт вспыхнул  в декабре того же 1552 года, сразу после того, как русское войско покинуло Казань. Он имел местный характер и был быстро подавлен, но в январе 1553 г. восстание разгорелось вновь.  Началось с того, что доведенные до крайней степени отчаяния жадностью чиновников, луговые марийцы вместо уплаты ясака убили его сборщиков Мисюрю Лихорева и Ивана Скуратова и, соединившись с жителями Арской стороны, пошли на Казань, разбив высланные против них отряды казаков и стрельцов. Руководила ими верхушка из местной татарской знати – Усеин-Сеит, Тоакмыш-Шахзаде и Сары-батыр. В начале 1554 г. восстание было подавлено, а его участники сдались на милость русского войска.

   Весной 1554 г. вспыхнуло новое восстание. На этот раз им руководил сотенный марийский князь Мамич-Бердей, который хотел не просто независимости для своего народа, но  и восстановления Казанского ханства, в котором луговым марийцам жилось конечно же лучше, чем в русском царстве. Князь объединил луговых марийцев, до того разрозненных, в военный союз, просуществовавший несколько десятков лет, и получил поддержку у ногайских и сибирских татарских ханов. К примеру, пригласил «на царствование» ногайского царевича Ахполбея, который прибыл сюда со ста воинами, а позднее вызвал еще 200. Надо сказать, татары, приглашенные марийцами, отнеслись к ним как к прежним данникам, к «кшилярам», относились к ним с прежним презрением, притесняли и грабили местных людей, а, под конец и вовсе отказались воевать вместе с ними в решающем сражении против русского войска зимой 1555 г. Марийцам не оставалось ничего другого, как перебить горе-союзников и казнить царевича. После этого от мысли о восстановлении ханства Мамич-Бердей отказался. Чтобы создать собственное государство, он знаний и опыта не имел.

   Русский царь, на этот раз оценив серьезную угрозу для своего государства, выслал против восставших два отряда: по реке Вятке и Каме под руководством воевод Шереметьева и Адашева, и по Волге – воевод Андрея Курбского и С.Никулинского. Выбор на этих людей пал не случайно, поскольку они уже воевали здесь во время казанских походов и относительно знали эти места.

За первый месяц русские войска участвовали в 20 сражениях с повстанцами, но это не принесло им ощутимой победы. Причину этого русская летопись объясняла так: «им удобно бываше яко знаемым во своей, их земле, паче же с лесов прихождаху, сопротвляющижеся крепко». В переводе на современный язык это значит, что марийцы знали свои леса гораздо лучше пришлых русских воинов и это позволяло им вести удобную партизаскую войну. Русские же могли бесконечно блуждать по незнакомым для них глухим лесам, без ощутимых побед над повстанцами…

  И все же в конце-концов перевес в войне перешел на сторону русского войска. Историк Н.М.Карамзин в своей «Истории государства Российского» писал, что русские полки «воевали целый месяц, ходили до самых вятских и башкирских пределов, сражались ежедневно, в диких лесах, в снежных пустынях; убили 10000 неприятелей и двух злейших врагов России – князя Янгуру Измаильтянина и богатыря черемисского Алеку». Здесь следует добавить: в 1555-1556 гг. в схватке с отрядами воевод Шереметьева и А. Курбского погиб и главный руководитель южно-вятских мари князь Болтуш. В Малмыжском районе в память о нем осталась т.н. Болтушина гора, на которой он был убит и похоронен.

  Расправа с мятежниками была жестокой,  в «лучших традициях» средневековья и царя Ивана. К своим врагам государь был беспощаден. Карательные отряды, предавая все огню и мечу, наводили ужас на мирных жителей. Н. Никольский в своей работе «История мари» пишет: «Русские войска беспощадно опустошали страну. Они шли от селения к селению, уничтожая все на пути, сжигая деревни, отбирая скот, уводя всех жителей в плен. Война приняла характер какой-то чудовищной бойни; русские шаг за шагом продвигались вперед…»

   В феврале 1555 г. попал в ловушку князь Мамич-Бердей, приглашенный на переговоры с Алтышом, сотником горных марийцев, которых он пытался переманить на свою сторону. Все произошло как в случае с пленением сибирскими татарами друга Ермака Ивана Кольцо: после щедрого предсмертного пира все 200 человек, прибывшие с князем, были перебиты, а сам он схвачен и отправлен в подарок московскому царю. За такой подарок «царь и государь горних людей пожаловал великим своим жалованьем и всяких им пошлин полегчил». После допросов, на которых, по сохранившимся свидетельствам,присутствовал юдижайший сподвижник Ивана Грозного Андрей Курбский (а, возможно, и сам царь), Мамич-Бередей, скорее всего, был казнен. Дальнейших упоминаний о нем в русских летописях нет.

  Никоновская летопись 1554 г., повествуя о походе воевод по указу царя Ивана Грозного на арских «изменников», впервые упоминает о «местности Уржум» -  русские отряды  «к Шурме и Уржум идучи, воевали и жгли во всех местах», «пришли воеводы на Нуржум, от Казани десять днищ ходу».  Подробно об этом походе летопись рассказывала так:

  «Того-же лета, февраля в чистой Понедельник приехал к царю-государю от воевод от князя Семена Ивановича Никулинского с товарищи Назарей Семенов сын Глебов и говорил от воевод, что послал их царь государь на свое дело на Арских людей, и пошли из Казани а с ним по государеву наказу пошли воеводы из Свиязского городу; в большом полку со князем Семеном воевода  князь Юрий Иванович Кашин, в передовом полку Федор Иванович Умной-Клычев с теми людьми, которые годовали там. И они, призвали Бога в помощь, пошли из Казани Арьскою дорогою на высокую гору к засеке и направо побережных людей по Чувашской дороге и по Нагайской и по Каме и по Меше послали воевати головы, а налево и наперед по тому-же послали, и во многие места послали головы воевати и сами идучи на Арско и к Нурме и на Уржум идучи, въевали и жгли во всех местех. А пришли воеводы на Нуржум, от Казани десять днищ ходу...и дал Бог, многие места воевали. И город на Меше сожгли... А война их была от Казани и по Каму, а от Волги за Ошит и за Оржум и на Илит и под Вяцкие волости, от Казани вверх по Каме полтриста верст, а от Волги к Вятке поперег 200 верст, а ходили от Казани четыре недели».

    Как местность упоминается Уржум и в третьей редакции “Летописца начала царствования…”, которая вошла в Оболенский список Никоновской летописи, повествуя о событиях июня 1556 г.:  “…Ходил ис Казани боярин Петр же Васильевич Морозов, да с ним воевода Федор Игнатьевич Салтыков, да дети боярские  ис Казани и ис Свияжского города обои, и переменные и старые и годовальщики, а татарове и новокрещены и казакы и стрельцы, за Арьское, за Ошит и за Уржум и к  Вятке.  И не доходили до Вятки за пятьдесят верст и воевали бесчисленно много и полон имали, женкы да робята, а мужиков всех побивали: и пришли в Казань, дал Бог, со всеми людми здорово…”

   Пролилась марийская кровь и на берегах реки Уржумки. По народному преданию, русский карательный отряд пришел сюда как раз во время меркумалтыша – большого моления, на которое собралось 10 тысяч марийцев, и, застав их врасплох,  перебил, не пощадив никого. Воды обагрилась от множества пролитой крови. Не случайно по одной из версий луговые марийцы стали с тех пор называть реку Вюрзым, что значит, кровавая («вюр» по-марийски – кровь; хотя по мнению краеведа В.А.Ветлужских, название это еще до-марийского происхождения и дословно переводится как «лесная речка». К слову сказать, имется еще десяток предположений о происхождении ее названия).

  Возможно, в окрестностях Уржума царские опричники пролили немало крови. Сохранилось предание, что в Уржумской земле последними марийскими князьями были Акмазик и Шурмари, резиденция которых находилась в районе нынешней деревни Акмазики, причем князь Акмазик был уже крещеным, значит, перешел на сторону московского царя…

   После гибели главных предводителей восстания и взятия крепости Меша, когда было убито 1560 князей и мурз, а 15 тысяч воинов, женщин и детей взято в плен, восстание непокорными мари пошло на спад и вскоре было окончательно подавлено. Периодически вспыхивали восстания и в последующие  годы, но уже не с таким размахом, как при Мамич-Бердее. К примеру, мощное восстание в луговой стороне вспыхнуло в 1581 г. Стареющий Грозный снова вынужден был выслать войска против неугомонных марийских мятежников. Летопись сообщала: «… Луговую сторону воевали и многие улусы по Луговой стороне разорили… и татар и черемис побили много».  Марийцы сопротивлялись отчаянно с достоинством обреченных. Многие из них ушли от расправы в глухие вятские леса, а то и вовсе за Каму, в башкирскую землю. Вместе с марийцами покидали давно обжитые ими края и другие народности – чуваши, татары, удмурты. В последующие времена такое переселение марийцев в Предуралье становится массовым: при Великом Петре бежали они от рекрутства, непосильных податей, насильной христианизации в чуждую для них веру.  По народной легенде, мариец Еле с сыновьями Маки и Костинка, ушел от расправы после окончания марийской войны к истоку реки Буй, основал там селение Елеево, а мариец Актыгаш оставил свое поселение около современной Максинери и среди непроходимого леса дал начало будущему селу, которое до сих пор носит его имя…

  Даже после официального окончания войны в конце XVI века вооруженная конфронтация между двумя народами затянулась на многие десятки лет, и еще в течение века приходящему русскому населению  приходилось жить на новой земле под защитой крепостных стен, усиливать их, а порой, прогнившие, возводить вновь.