Богоявленская церковь была одной из древнейших в Козьмодемьянске, датой завершения ее строительства является 1734 год. Возведенный в традициях русского зодчества XVIII века, храм был каменным, с шатровой колокольней. В церкви имелось два престола: главный – в честь Богоявления Господня, придел – во имя Покрова Божией Матери. Штат храма состоял из священника и псаломщика, при храме работала  церковно-приходская школа.

В советское время духовенство и верующие Богоявленской церкви не уклонялись в обновленчество, приход находился под началом Патриарха Тихона, а затем – митрополита Сергия (Страгородского), с конца 1920-х годов входил в состав Марийского викариатства Нижегородской епархии. Последним настоятелем храма стал протоиерей Валериан Евгеньевич Новиков, возглавивший приход в начале 1930-х годов. В дальнейшем отец Валериан продолжил свое служение в Троицкой церкви города, 19 декабря 1937 года был арестован по ложному обвинению в контрреволюционной деятельности и 29 декабря 1937 года на заседании тройки НКВД по МАССР приговорен к 10 годам заключения.

Богоявленская церковь была закрыта 11 января 1933 года постановлением Президиума Мароблисполкома. В дальнейшем храм был разрушен, сейчас на его месте находится памятная стела в честь погибших в Великой Отечественной войне.

Использован материал Комиссии по канонизации святых республики Марий Эл